Die früheste, 1973 bekannt gewordene Fassung der „Kernmelodie“[5] notierte Beethoven 1808 in ein Skizzenbuch zur Pastorale. Einige aus dem Skizzenbuch herausgelöste Seiten bilden heute das Autograph Mus. ms. autograph. Beethoven Landsberg 10 der Staatsbibliothek Preußischer Kulturbesitz in Berlin. Die Melodie, die eindeutig als Kern des Klavierstückes WoO 59 zu erkennen ist,[2] befindet sich in den Zeilen 6 und 7 der Seite 149. Es handelt sich um eine einstimmige, sechzehntaktige Melodie, die sich besonders bei den Auftakten des Mittelteiles und bei den Schlusswendungen der Takte 7 und 15 sowie durch das Fehlen des zweitaktigen Orgelpunktes auf E von späteren Fassungen unterscheidet.[2] Diese Melodie nahm Beethoven 1810 wieder auf, modifizierte sie und fügte ihr weitere Teile hinzu. Das geschah in Beethovens Handschrift BH 116[6] und vermutlich auch in dem Autograph, das zu Babette Bredl gelangte und von Ludwig Nohl abgeschrieben und 1867 erstmals veröffentlicht wurde.[7][8]

In BH 116 lassen sich drei Arbeitsphasen erkennen: eine erste Niederschrift im Jahre 1810, Korrekturen daran von 1810 und eine Bearbeitung aus dem Jahre 1822. Die Bearbeitung von 1822 hatte das Ziel, das Klavierstück in eine für eine Veröffentlichung taugliche Fassung zu bringen. Es sollte als No 12 den Schluss eines Zyklus von Bagatellen bilden. Dieser Plan wurde allerdings nicht ausgeführt.[9] 1822 überschrieb Beethoven das Klavierstück mit „molto grazioso“. Er verschob die Begleitfiguren des A-Teils in der linken Hand um ein Sechzehntel nach rechts und entlastete dabei den Taktanfang. Außerdem führte er die Begleitfigur teilweise in eine tiefere Lage und weitete damit den Klang aus.[10] Im Teil B kehrte Beethoven zu einer melodisch und rhythmisch komplizierteren, 1810 verworfenen Fassung zurück. Den vermutlichen Gesamtaufbau des Klavierstückes ließ er nicht völlig unangetastet und fügte vier bisher ungenutzte Takte als Überleitung zum Teil B ein. Vier 1822 notierte Einleitungstakte, die zum A-Teil passen, strich er dagegen wieder.[11] Bei der Anweisung für die Reprise des letztmals wiederkehrenden Teiles A schrieb er „una corda“ vor, was sich auf diesen Teil selbst beziehen kann oder nur auf den neu entworfenen, dreitaktigen, wahrscheinlich akkordisch gedachten, aber nur einstimmig notierten Schluss.[12] Eine vollständige Fassung als Resultat der Bearbeitung von 1822 stellte Beethoven nicht her.[13][14]